Die chronisch-lymphozytäre Thyreoiditis (Typ Hashimoto oder chronisch-atrophische Verlaufsform) ist gekennzeichnet durch eine diffuse oder fokale lymphozytäre Infiltration der Schilddrüse. Die für die Diagnostik entscheidenden Antikörper sind die gegen die Schilddrüsen-Peroxidase gerichteten Antikörper (TPO-AK), die insbesondere für die Destruktion der Follikelzellen verantwortlich gemacht werden. Auch die Antikörper gegen den TSH-Rezeptor sind bei der chronischen Autoimmunthyreoiditis gelegentlich nachweisbar. Die Thyreoglobulin-Antikörper spielen für die Pathogenese dieser Krankheit sehr wahrscheinlich keine Rolle.